La Facultad de Ciencias Económicas posee un tipo de organización departamental y de institutos que aseguran el cumplimiento de los objetivos en materia docente y de investigación respectivamente. Entre los departamentos e institutos existe una recíproca relación funcional, integrando ambas áreas específicas de acuerdo a sus respectivas incumbencias.

Los Departamentos son unidades pedagógicas que nuclean cátedras y seminarios, investigadores y centros de investigación. Dentro de la estructura de la facultad se encuentran los Departamentos de integrados por el personal docente de las cátedras asignadas a cada uno de ellos. A los efectos de su organización interna los Departamentos se componen de un Director y un Secretario Técnico.

Su misión es analizar, evaluar y coordinar todas las actividades docentes, pedagógicas y administrativas implicadas en el accionar de su área específica.

Sus principales funciones son: analizar y evaluar los Programas de Estudios de cada una de las asignaturas, a fin de ajustar los mismos a los contenidos mínimos establecidos en el Plan de Estudios; hacer cumplir con la coordinación programática de las distintas materias y seminarios de acuerdo a lo establecido en el Plan de Estudios; analizar y dictaminar acerca de las correlatividades y equivalencias; asesorar en materia de metodologías de enseñanza y su aplicación; intervenir en la determinación de la dotación docente en relación con las necesidades y las restricciones; proponer las adecuaciones en los contenidos mínimos de las asignaturas del área; participar en las reformas del Plan de Estudios; y analizar el material bibliográfico y didáctico de las materias pertinentes.